《新华日报》诞生于第二次国共合作时期的1938年初，她是国共谈判的重要成果之一，也是经以国民党为主体的国民政府批准的、中国共产党在全国发行的唯一一份中共中央政治机关报。《新华日报》作为传播中共政治纲领、政策主张的重要媒体，在引导全国人民坚持持久抗击日本侵略战争方面，在倡导民族统一战线、联合各民主党派及社会各阶层精英力量组建抗日联合政府方面，在报道中国共产党领导的八路军、新四军对日英勇作战、守卫国土方面，在主导国统区民族进步人士创作积极抗战的文化艺术、营造全民抗战的社会环境方面，都发挥了独一无二、不可替代的历史作用，彪炳史册。
在办报过程中，中共中央充分利用其通过了国民政府登记注册的“合法性”优势，于抗日战争阶段在武汉、重庆等“国统区”办报的同一时期，先后出版了《新华日报》华北版、太行版、华中版，分别作为中共中央北方局机关报、中共太行区委机关报、中共中央华中局机关报。这些不同领导机关的党报，在抗击日寇侵略的前线或者大后方，都极好地发挥了“战斗”的舆论媒体的重要作用。其中一些版本的《新华日报》，一直持续出版到解放战争时期。抗战胜利后国民政府还都南京，中共中央为了适应新时局的发展需要，决定将《新华日报》的总馆迁往上海，在上海、南京分别出版新版本的《新华日报》（因故未能出版），而将重庆版的《新华日报》作为中共四川省委机关报，留在当地继续出版发行。此外，解放战争时期和新中国成立初期，中共中央再次利用《新华日报》在全国各阶层人民心中有巨大影响力的“红色品牌”优势，先后出版了中共华中工委机关报《新华日报》、中共南京市委机关报《新华日报》、中共中央西南局机关报《新华日报》、中共江苏省委机关报《新华日报》等不同版本的报纸。目前，中共江苏省委机关报《新华日报》在江苏省南京市，作为中共地区性党的喉舌、主流媒体继续运营发展着。
中共中央政治机关报《新华日报》（武汉）（1938.1.11～1938.10.25）
1937年初，随着全国抗日战争形势的进一步发展，国共两党开始商讨携手合作、联合抗日的战略问题，其中一项主要内容就是中国共产党要在“国统区”公开出版自己的报纸和期刊。这项工作由中共在南京的谈判代表周恩来负责，并由周指派潘梓年、章汉夫来南京筹备开办报刊事宜。周恩来等中共领导人决定将报纸定名为《新华日报》，邀请国民党元老、国民政府监察院院长于右任题写了报头。
《新华日报》的筹备工作紧张、困难但富有成效，此时日军的侵略脚步已经逼近南京，筹备人员、设备、物资等，不得不随着国民政府的西迁而抵达武汉。1937年12月21日,冬至的前一夜，陈绍禹（王明）、周恩来、秦邦宪（博古）等在武汉与蒋介石会谈，其中一条是关于《新华日报》出版的事情。这次蒋松了口，表示对此“完全同意。”终于，《新华日报》于1938年1月11日正式出版了。创刊时，《新华日报》的社长为潘梓年，总编辑为华岗，总经理为熊瑾玎。
早在《新华日报》创刊前，中共中央完善了党对《新华日报》的领导。1937年12月23日，中共中央长江局在武汉正式成立，王明为书记，周恩来为副书记。《新华日报》归中央长江局领导。长江局为此成立了专门的党报委员会，由王明、周恩来、博古、华岗、何伟、潘梓年、黄文杰组成。报馆设立董事会，成员包括：王明、博古、吴玉章、董必武、何凯丰、邓颖超。王明为董事长。
由于日军的进犯，武汉三镇于1938年10月25日沦陷。当天出版的第287号《新华日报》，终结了该报在武汉的历史。
这一时期的《新华日报》处于抗日战争的战略防御阶段。《新华日报》紧扣时局主题，着重宣传报道了中共坚持抗日民族统一战线、坚持全面抗战、持久抗战的方针政策；宣传报道了全国军民抗日斗争的英勇事迹、以武汉为中心的抗日救亡运动，并以媒体之力推动蒋介石坚持长期抗战的策略。同时还介绍与宣传了马列主义，引导一大批爱国人士走上了革命之路。
中共中央政治机关报《新华日报》（重庆）（1938.10.25～1946.4.19）
1938年8月，抗战形势骤变，武汉不保，《新华日报》着手准备西迁重庆。熊瑾玎率领的23人第一批离汉迁渝。报馆的大部分人员于10月22日离开汉口。这批人员西迁途中发生了“新升隆”号惨剧，报馆的16人、武汉八路军办事处的9人不幸遇难。
