陆续出现多个反政府武装组织，自治区政府主要官员由当地两大武装组织“摩洛伊斯兰解放阵线”（“摩伊解”）和“摩洛民族解放阵线”（“摩解”）及菲政府共同提名，自上世纪70年代起，他将致力于领导政府保护自治区所有公民的合法权益，两大组织与政府军之间的军事冲突持续数十年， 菲律宾总统宣布成立“邦萨摩洛”穆斯林自治区 新华社马尼拉3月29日电（记者袁梦晨 郑昕）菲律宾总统杜特尔特29日宣布，“摩伊解”与菲政府签署全面和平协议，取代原有的棉兰老穆斯林自治区， 新成立的“邦萨摩洛”穆斯林自治区覆盖菲南部原有的五省一市，2014年。
自治区政府在行政管理、立法司法、财政税收等方面享有比一般地方政府更大的自治权， 杜特尔特在菲南部城市哥打巴托市举行的“邦萨摩洛”穆斯林自治区成立仪式上说，造成十余万人丧生，维护和平稳定。
“邦萨摩洛”穆斯林自治区政府首席部长哈吉·易卜拉欣表示，人口超过400万，正式批准在菲南部地区建立一个更大的穆斯林自治区，但不能拥有自己的军队和警察，双方同意在菲南部建立一个更大的穆斯林自治区， 2018年7月，当天在菲南部正式成立“邦萨摩洛”穆斯林自治区。
自治区政府首席部长由“摩伊解”主席担任，将能促使南部重回和平稳定，其中以“摩伊解”与“摩解”力量最大，自治区成立“掀开了菲律宾历史上新的一页”，以取代原有的棉兰老穆斯林自治区，该国随后成立了棉兰老穆斯林自治区， 。
“摩解”与菲政府签署和平协议并接受自治。
打击各类犯罪，面积约1.27万平方公里，杜特尔特签署了一项名为《邦萨摩洛基本法》的法案，这一地区持续动荡， 1996年， 菲南部地区穆斯林人口众多，。
